Fauna

En referencia a la Selva El Ocote, ésta es considerada uno de los centros de diversidad biológica más importante de México, ya que se encuentra ubicada en una zona de transición de dos provincias neotropicales, la Pacifíquense y la tehuatepequense. En este refugio se han reportado un total de 646 especies de vertebrados terrestres,distribuidos de la siguiente forma: 24 anfibios, 58 de reptiles, 460 aves ( y 104 de mamíferos, representando el 45% de los vertebrados de Chiapas y el 23% del país.

A pesar de que los estudios para invertebrados son menos detallados y extensivos se tiene una proyección de 3,000 especies de coleópteros, 500 especies de lepidópteros y junto con otros invertebrados podría llegar el número a 20,000 especies.

Mamíferos 

En el Ocote se han registrado hasta el momento 10 órdenes, 25 familias, 73 géneros y 104 especies de mamíferos.De las especies reportadas 5 se encuentran en status de amenazadas, 10 como raras, 7 en peligro y 4 como endémicas para México.

• el tlacuache dorado (Caluromys derbianus) 
• hormiguero (Tamandua mexicana), 
• musaraña (Cryptotis parva 
• murciélagos (Rhynchonycteris naso, Myotis nigricans) 
• mono sarahuato (Alouatta palliata), 
• mono araña (Ateles geoffrogi valerosus) 
• coatí (Nasua narica)
• martucha (Potos flavus) 
• viejo de monte(Eira barbara) 
• jaguar (Panthera onca) 
• ocelote (Leopardus pardalis) 
• tigrillo (Leopardus curedii) 
• tapir (Tapirus bairdii) 
• ardilla voladora (Glancomys volans) 
• rata de campo (Tylomys tumbalensis) 

Aves

A pesar de representar una de las ANP´s mas pequeñas en cuanto a extensión territorial en el estado de Chiapas, “El Ocote”, cuenta con mayor diversidad de aves, siendo esto un indicador importante para la protección del área, al igual que el resto de las áreas adyacentes.

De las especies reportadas 28 especies se encuentran en estatus de amenazadas, 56 como raras, 9 en peligro de extinción y una es endémica de la Reserva.

• la cigüeña (Mycteria americana) 
• pato real (Cairina moschata) 
• zopilote rey (Sarcoramphus papa) 
• milano caracolero (Rostrhamus sociabilis) 
• aguililla cangrejera (Buteogallus anthracinus), 
• águila tirana (Spizaetus tyrannus) 
• águila elegante (Spizaetus ornatus) 
• halcón murcielaguero (Falco rufigularis), 
• halcón peregrino (Falco peregrinus) 
• hocofaisán (Crax rubra) 
• pava cojolita (Penelope purpurascens) 
• catingaazul (Cotinga amabilis) 
• perico verde (Aratinga holochlora) 
• loro corona blanca (Pionus senilis) 
• oro cabeza azul (Amazona farinosa) 
• búho cuernos blancos (Lophostrix cristata) 
• papamoscas alazán (Rhytipterna holerythra), 
• toledo (Chiroxiphia linearis) 
• cuevero de Nava (Hylorchilus navai). 

Anfibios 

En la Reserva se tienen 24 especies de Anfibios, 4 especies del orden Caudata y 20 especies del orden Anura,existen 4 especies endémicas de México, 6 familias y 9 géneros. En los límites de la Reserva de la Biosfera Selva “El Ocote” se encuentra la localidad tipo para un nuevo género de Salamandra (Ixalotriton niger), 

• La rana verde (Agalychnis mereleti) 
• cecelia (Dermophis mexicanus) 
• salamandra (Bolitoglossa platydactyla) 
• rana de ojos rojos (Hyla erythromma), 

Reptiles

La riqueza herpetofaunística de la Reserva de la Biosfera Selva“El Ocote”, está conformada por 15 familias, 36 géneros y 58 especies .De estas 58 especies, en status de conservación se encuentran 5 amenazadas, 12 raras, 5 en peligro de extinción y 7 endémicas para México.

Las especies más sobresalientes son:

• El cocodrilo de río (Crocodylus acutus) 
• El casquito (Kinosternonscorpioides), 
• tortuga jicotea (Trachemys scripta) 
• Tuga guau (Staurotypustriporcatus) 
• turipache (Corytophanes hernandezi) 
• iIguana (Iguana iguana) 
• lagartija (Anolis pygmaeus) 
• boa (Boa constrictor imperator) 
• nauyaca saltadora (Atropoides numifer) 
• cascabel (Crotalus durissus). 
• La Reserva es la localidad tipo para (Anolis campressicaudus) como una nueva especie descubierta por Smith y Kerster en 1955. 

Peces

En Chiapas las especies dulceacuícolas incluyen peces exóticos como:

• Mojarra tilapia2 (Oreochromis spp), 
• Tenguayaca (Petenia splendida) 
• Chopa (Aplodinotus grunniens) 
• Negra (Cichlasoma fenestrum) 
• Tilapia (Tilapia sp) 
• Bagre (Ariusmelanopus, Ictalurus meriodionalis y Rhamdia guatemalensis) 
• la Sardinita plateada (Astyanax faciatus) 

Invertebrados

La información sobre invertebrados es escasa pero muy prometedora, tal es el caso de la nueva especie de la clase Arachnida (Diplocentrus gigants), el tipo y paratio fue colectado en la Reserva. (artículo en prensa, IHN,1998).

Existen invertebrados acuáticos como:

los pulpos (Poecilla sphonops,Gambusia sexradiata y Poeciliopsis gracilis) (IHN,1993),
En las cuevas, también encontramos camarones troglobios de una nueva especie que pertenece a la familia de origen marino, los (Palaemonidae). Hay cangrejos externos o troglófilos, pero que no alcanzan niveles de troglomorfismo. (Sbordoni, La Venta, 1999)